Mit der Flächenstilllegung sollte erreicht werden, dass landwirtschaftlich genutzte Flächen zugunsten des Naturschutzes nicht mehr bewirtschaftet wurden, so dass sich Pflanzen und Tiere dort ungestört ansiedeln konnten. Ein weiterer beabsichtigter Nutzen lag in der Vermeidung landwirtschaftlicher Überproduktion in der EU. Die 2003 beschlossene Agrar-Reform der EU wurde in Deutschland im Jahr 2005 umgesetzt. Dabei wurden auch die Regelungen zur Flächenstilllegung geändert. Grundsätzlich unterscheidet man:
- Obligatorische Flächenstilllegung,
- Ökonomische Flächenstilllegung,
- Ökologische Flächenstilllegung.
Seit 2005 galten in Deutschland obligatorische Flächenstilllegungssätze, die sich in jedem Bundesland unterschieden. Anders als zuvor bezog sich der Flächenstilllegungssatz auf die komplette Ackerfläche des jeweiligen landwirtschaftlichen Betriebes; insbesondere auf Flächen, auf denen Zuckerrüben, Obst und Gemüse sowie Ackerfutter angebaut wurden.
Ausgeschlossen waren jedoch Flächen, die 2003 für Dauerkulturen, nicht landwirtschaftliche Zwecke oder Dauergrünland verwendet worden sind. Kleinerzeuger und Ökolandwirte waren von der Stilllegungsverpflichtung befreit. Die Mindeststilllegungsfläche betrug 0,1 Hektar und musste mindestens zehn Meter breit sein. Die Bundesländer konnten diese Werte jedoch auf bis zu 0,05 Hektar Mindestgröße und bis zu fünf Meter Mindestbreite verringern.
Beispiele für Stilllegungssätze:
- Bayern 8,17 Prozent,
- Hessen
8,81 Prozent, - Niedersachsen 7,57 Prozent,
- Thüringen 9,00 Prozent.
Die obligatorische Stilllegung musste in Höhe der dem einzelnen Betrieb zugeteilten Zahlungsansprüche bei Stilllegung vorgenommen werden. Im Jahr 2008 wurde die obligatorische Flächenstilllegung in der EU ausgesetzt, im Jahr 2009 abgeschafft. Grund war eine verstärkte Nachfrage nach landwirtschaftlichen Produkten. Die Reduzierung des Stilllegungssatzes auf null verpflichtet die Landwirte allerdings nicht, die stillgelegten Flächen zu bestellen. Sie können sie weiterhin freiwillig stilllegen und Umweltschutzregelungen anwenden, um bestimmte Förderungen zu erhalten.
Eine Flächenstilllegung kann auch aus ökonomischen Gründen erfolgen. Eine Ausgleichszahlung ist bei Beachtung der Cross-Compliance-Vorschriften über die Regelungen der Direktzahlungen-Verpflichtungsverordnung möglich.
Eine ökologische Flächenstilllegung kann im Rahmen von verschiedenen Agrarumweltprogrammen freiwillig stattfinden. Der Landwirt kann sich verpflichten, eine Fläche mehrjährig zu Umweltschutzzwecken stillzulegen oder auch umweltfreundliche Anbauverfahren anzuwenden. Eine Förderung erfolgt hier über Ausgleichszulagen beziehungsweise im Rahmen von Kulturlandschafts-, Vertragsnaturschutz-, oder Landschaftspflegeprogrammen durch Bund und Länder. So können zum Beispiel Anbauflächen im Rahmen eines Vertrages zwischen dem Grundeigentümer und der zuständigen Naturschutzbehörde mehrjährig stillgelegt werden.
Nach Abschaffung der obligatorischen Flächenstilllegung wurden von Naturschützern immer wieder Nachfolgemaßnahmen gefordert. Zu diesen gehört auch die Schaffung ökologischer Vorrangflächen ohne Anwendung von Düngemitteln oder Pestiziden. Im Rahmen der Umsetzung der Gemeinsamen Agrarpolitik der Europäischen Union (GAP) müssen Landwirte ab 1. Januar 2015 die Vorgaben des sogenannten „Greening“ erfüllen. Dazu gehören der Dauergrünlanderhalt, eine Anbaudiversifizierung und das Vorhalten eines Mindestanteils an ökologischen Vorrangflächen. Regelungen über die Greening-Vorgaben und die Neuordnung von Prämienzahlungen an Landwirte trifft das 2014 erlassene Direktzahlungs-Durchführungsgesetz.