Die Aufgabe der Bauaufsichtsbehörden ist die staatliche Überwachung der Bautätigkeiten. Hierzu zählen die Erteilung oder das Versagen von Bau- und Teilbaugenehmigungen, bzw. die Prüfung eingereichter Unterlagen bei genehmigungsfreien Verfahren auf baurechtliche Zulässigkeit. Ferner zählen zu den Aufgaben der Bauaufsichtsbehörde die Erteilung von Vorbescheiden auf Bauvoranfragen, Erteilung von Dispensen, Teilungsgenehmigungen i.S.d. Wohnungseigentumsgesetzes, Erlass von Nutzungsuntersagungen, Abbruchanordnungen Stilllegen und Versiegelung von Baustellen usw.
Als Träger hoheitlicher Gewalt kann sie sich Amtspflichtverletzungen zu Schulden kommen lassen, was dann zu Schadensersatzansprüchen führen kann. Die unterste Baubehörde ist auf Kreisebene angesiedelt, die mittlere auf der Ebene der Regierungsbezirke und die oberste auf der Ebene des zuständigen Ministeriums eines Bundeslandes.